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Alt 30.05.2018, 10:13   #1   Druckbare Version zeigen
Lumpenstrumpf  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 1.046
Sequenzlogo erstellen, wie?

Huhi, ich bin grad an der Einleitung von meiner Diss und möchte - analog einer Abbildung in einem >Review - eine Abbildung für meine Arbeit erstellen. Und zwar geht es um ein Sequenzlogo. Ich habe schon diverse Online-Tools gefunden, und zwar mit einem Textfeld zum Eingeben, was aber bei 100 Sequenzen oder so eher unhandlich ist.

Gibt es da noch ne andere Möglichkeit? Ich möchte eigentlich nur einen Bereich von etwa 10 Aminosäuren "vergleichen". Lädt man dann die kompletten Sequenzen hoch oder nur den Sequenzbereich? Dann müsste ich ja für alle die 100 Sequenzen genau wissen, wo der zu vergleichende Bereich liegt?!

Wie macht man das am praktischsten? Hat jemand Tipps?
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Alt 30.05.2018, 18:12   #2   Druckbare Version zeigen
imalipusram  
Mitglied
Beiträge: 6.254
AW: Sequenzlogo erstellen, wie?

Long time no see, Lumpenstrumpf!

Wenn Du die Daten in einem halbwegs vernünftigen Format vorliegen hast oder dahin konvertieren kannst (FASTA), dann probier mal Multalin (http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/). Ein Tool, bei dem Du den Ausschnitt angeben kannst, fällt mir jetzt nicht ein, vielleicht kennt ja jemand anderes eines?

Im Zweifelsfalll die Datei mit einem Texteditor bearbeiten: die gemeinsame Sequenz suchen, nicht gewünschte Bereiche abschneiden und wieder im FASTA-Format exportieren, dann wieder ins Alignment-Tool laden.
__________________
I solemnly swear that I'm up to no good!
伍佰 (WuBai - Run run run!) (ein Musikvideo mit dem Bambushaus und dem imalipusram unter den Statisten)
Noch ein nettes Video (nerdy, ein LIHA-Robot)
Und so gehts hier manchmal zu (sowas Ähnliches wie Fronleichnam, hier wird TuDiGong, dem Erdgott, tüchtig eingeheizt!) Oder so (auch ungeeignet für Gefahrstoffphobiker) und so und so.

Geändert von imalipusram (30.05.2018 um 18:21 Uhr)
imalipusram ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 31.05.2018, 12:46   #3   Druckbare Version zeigen
Lumpenstrumpf  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 1.046
AW: Sequenzlogo erstellen, wie?

Zitat:
Zitat von imalipusram Beitrag anzeigen
Long time no see, Lumpenstrumpf!
Ja, ich war in den letzten 15 Monaten mehr mit Windeln wechseln als mit der Diss beschäftigt. :-) Jetzt geht es daran, die Diss fertig zu schreiben. :-)

Ich hab keine Daten vorliegen, aber das müsste sich ja in den Sequenzdatenbanken finden lassen. Ich hab leider so gar keine Ahnung, wie man da ran geht und hab auch nicht viel sinnvolles gefunden. Mal schauen... das kann ja nicht so schwer sein.

Also die Sequenzen per Hand raussuchen, geht auf jeden Fall. Die Tools, die ich bisher gefunden habe, hatten alle nen Textfeld zum Eingeben, das müsste mit copy & paste zur Not auch funktionieren.
Lumpenstrumpf ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 01.06.2018, 05:01   #4   Druckbare Version zeigen
imalipusram  
Mitglied
Beiträge: 6.254
AW: Sequenzlogo erstellen, wie?

Zitat:
Zitat von Lumpenstrumpf Beitrag anzeigen
Ja, ich war in den letzten 15 Monaten mehr mit Windeln wechseln als mit der Diss beschäftigt.
Wenigstens ein Mensch auf dieser Welt, der noch etwas Vernünftiges tut!
__________________
I solemnly swear that I'm up to no good!
伍佰 (WuBai - Run run run!) (ein Musikvideo mit dem Bambushaus und dem imalipusram unter den Statisten)
Noch ein nettes Video (nerdy, ein LIHA-Robot)
Und so gehts hier manchmal zu (sowas Ähnliches wie Fronleichnam, hier wird TuDiGong, dem Erdgott, tüchtig eingeheizt!) Oder so (auch ungeeignet für Gefahrstoffphobiker) und so und so.
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