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Alt 18.06.2018, 15:28   #16   Druckbare Version zeigen
imalipusram  
Mitglied
Beiträge: 6.289
AW: Zufällige Verteilung auf Foto?

Ich meinte, daß die Fluoreszenz nicht zufällig übers Bild verteilt ist, sondern mit den Zellen assoziiert ist. Wenn es darum geht, die Verteilung der Zellen als zufällig oder nicht zu beurteilen, würde ich versuchen, die Zellen und ihren wie auch immer definierten Mittelpunkt zu isolieren und dann testen, ob diese Koordinaten zufällig verteilt sind.

Mein Bauchgefühl sagt mir, daß oft zwei Zellen gepaart erscheinen (kürzlich geteilt und noch nicht richtig davongelaufen). Und auch, daß sie nicht ganz zufällig verteilt sind, das kann zB an der Oberfläche der Kulturschalen liegen.

Das Problem sollte nicht ganz neu sein, such mal im Netz oder auf PubMed mit Stichworten wie "OpenCV cells fluorescence" oder "computer vision identify fluorescence". Vielleicht gehts auch mit ImageJ. Wenn Du mit einer schwarz/grün-Analyse arbeitest, verlierst Du aber die Intensitätsinformation und mußt einen Schwellenwert für "hell" definieren.

Sollte es nur dieses eine Bild sein, kannst Du die Koordinatenliste in ImageJ vielleicht durch einfaches Klicken auf die Zellen erzeugen.
__________________
I solemnly swear that I'm up to no good!
伍佰 (WuBai - Run run run!) (ein Musikvideo mit dem Bambushaus und dem imalipusram unter den Statisten)
Noch ein nettes Video (nerdy, ein LIHA-Robot)
Und so gehts hier manchmal zu (sowas Ähnliches wie Fronleichnam, hier wird TuDiGong, dem Erdgott, tüchtig eingeheizt!) Oder so (auch ungeeignet für Gefahrstoffphobiker) und so und so.
imalipusram ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 18.06.2018, 16:59   #17   Druckbare Version zeigen
safety  
Mitglied
Beiträge: 1.361
AW: Zufällige Verteilung auf Foto?

Zitat:
Zitat von elchico Beitrag anzeigen
Fouriertransformations-unabhängige Lösung
Schritt für Schritt Anleitung mit ImageJ, ich bevorzuge das Matlab-Modul, aber hier gibt es viele Lösungen...

http://www.qsimaging.com/ccd_noise_create_ffts.html
safety ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 18.06.2018, 19:27   #18   Druckbare Version zeigen
cg Männlich
Mitglied
Beiträge: 1.160
AW: Zufällige Verteilung auf Foto?

Hi elchico,

die Strukturgröße SQRT(n) halte ich für die maximale. Genauer betrachtet gilt das nur für quadratische Bilder. Eigentlich ist sie die halbe Zeilenlänge, denn eine an einem Ende abgeschnittene Struktur wird sich nicht in der nächsten Zeile fortsetzen.
Ob Dir ImageJ weiter hilft weiß ich nicht. Ich würde dafür ein einfaches Programm schreiben. Mit der Mustererkennung habe ich mich im Zusammenhang mit der Peakerkennung und Nachweisgrenze bei der Gammaspektroskopie befasst. Da ist die Strukturbreite durch die Auflösung des MCA und das Rauschen des Verstärkers bestimmt und ziemlich klein gegenüber n.

Freundliche Grüße
cg
cg ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 19.06.2018, 08:25   #19   Druckbare Version zeigen
elchico  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 12
AW: Zufällige Verteilung auf Foto?

Zitat:
Zitat von imalipusram Beitrag anzeigen
Ich meinte, daß die Fluoreszenz nicht zufällig übers Bild verteilt ist, sondern mit den Zellen assoziiert ist. Wenn es darum geht, die Verteilung der Zellen als zufällig oder nicht zu beurteilen, würde ich versuchen, die Zellen und ihren wie auch immer definierten Mittelpunkt zu isolieren und dann testen, ob diese Koordinaten zufällig verteilt sind.

Mein Bauchgefühl sagt mir, daß oft zwei Zellen gepaart erscheinen (kürzlich geteilt und noch nicht richtig davongelaufen). Und auch, daß sie nicht ganz zufällig verteilt sind, das kann zB an der Oberfläche der Kulturschalen liegen.

Das Problem sollte nicht ganz neu sein, such mal im Netz oder auf PubMed mit Stichworten wie "OpenCV cells fluorescence" oder "computer vision identify fluorescence". Vielleicht gehts auch mit ImageJ. Wenn Du mit einer schwarz/grün-Analyse arbeitest, verlierst Du aber die Intensitätsinformation und mußt einen Schwellenwert für "hell" definieren.

Sollte es nur dieses eine Bild sein, kannst Du die Koordinatenliste in ImageJ vielleicht durch einfaches Klicken auf die Zellen erzeugen.
Hallo imalipusram

genau das ist das, was ich suche (habe ich scheinbar nicht richtig ausgedrückt ..): Ich weiß, wie ich die Koordinaten der Zellen herausfinde, weiß aber noch nicht, wie ich die Koordinaten auf Zufälligkeit teste. Deswegen wollte ich gar nicht mit Fluoreszenz oder Zellen anfangen ;-)

Einfach nur der Test: Wie schaue ich, ob in einem Bild die Punkte (deren Koordinaten ich habe) zufällig verteilt sind. Hätte ich vielleicht im Eingangspost etwas deutlicher betonen sollen, sorry dafür.

Ich les mich mal ein in die computer vision - vielleicht gibt es hier eine Lösung =)
elchico ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 19.06.2018, 08:26   #20   Druckbare Version zeigen
elchico  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 12
AW: Zufällige Verteilung auf Foto?

Zitat:
Zitat von safety Beitrag anzeigen
Schritt für Schritt Anleitung mit ImageJ, ich bevorzuge das Matlab-Modul, aber hier gibt es viele Lösungen...

http://www.qsimaging.com/ccd_noise_create_ffts.html
Danke, ich lese mich mal ein =) Bei Fragen würde ich mich einfach nochmal melden ;-)
elchico ist offline   Mit Zitat antworten
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Alt 19.06.2018, 08:27   #21   Druckbare Version zeigen
elchico  
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 12
AW: Zufällige Verteilung auf Foto?

Zitat:
Zitat von cg Beitrag anzeigen
Hi elchico,

die Strukturgröße SQRT(n) halte ich für die maximale. Genauer betrachtet gilt das nur für quadratische Bilder. Eigentlich ist sie die halbe Zeilenlänge, denn eine an einem Ende abgeschnittene Struktur wird sich nicht in der nächsten Zeile fortsetzen.
Ob Dir ImageJ weiter hilft weiß ich nicht. Ich würde dafür ein einfaches Programm schreiben. Mit der Mustererkennung habe ich mich im Zusammenhang mit der Peakerkennung und Nachweisgrenze bei der Gammaspektroskopie befasst. Da ist die Strukturbreite durch die Auflösung des MCA und das Rauschen des Verstärkers bestimmt und ziemlich klein gegenüber n.

Freundliche Grüße
cg
Vielen Dank =)
Eine Quelle, warum es Wurzel n ist, hast Du nicht zufällig? Muss das meinem Prof dann irgendwie erklären ;-)
elchico ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 21.06.2018, 21:55   #22   Druckbare Version zeigen
cg Männlich
Mitglied
Beiträge: 1.160
AW: Zufällige Verteilung auf Foto?

Leider nicht.

Ergibt sich aus der Überlegung, dass ein quadratisches Bild mit n quadratischen Pixeln SQRT(n) Zeilen und genausoviele Pixel pro Zeile hat. Folglich ist die größtmögliche Struktur, die man darauf erkennen kann eben so groß. Bei einem rechteckigen Bild wie Deinem ist die Abweichung davon unwesentlich, solange die Seitenlängen nicht zusehr differieren. Das müsste auch einem Prof einleuchten.


Freundliche Grüße
cg
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