Biologie & Biochemie
Buchtipp
Mikrobiologie
H. Hof, R. Dörries, R.L. Müller
39.95 €

Buchcover

Anzeige
Stichwortwolke
forum

Zurück   ChemieOnline Forum > Naturwissenschaften > Biologie & Biochemie

Hinweise

Biologie & Biochemie Ein Forum für Molekularbiologie, Genetik, Gentechnik und andere biologische sowie biochemische Themen.

Anzeige

Antwort
 
Themen-Optionen Ansicht
Alt 13.12.2017, 13:44   #1   Druckbare Version zeigen
Jakob.E Männlich
Mitglied
Themenersteller
Beiträge: 6
PCR Spezifität und Sensivität

Hallo, ich bin auf der Suche nach einer allgemeinen Formulierung der Begriffe Spezifität und Sensivität bez. bezogen auf die PCR.

Konkret muss ich ein Referat zum Thema PCR halten, ich weiß dass die Spezifität von vielen Faktoren abhängig ist, ein Freund hat es mir so erklärt, dass die Sensivität dafür steht, wie sensibel sie eben ist, auf die RT-PCR umgelegt, wie viele DNA Moleküle anfänglich da sein müssen für die Amplifizierung, im Idealfall einse also ergibt sich daraus eine sehr hohe Sensivität, ist das so korrekt und gilt das nur für die real-time PCR?

Spezifität, wie genau kann ich messen, für die rt-PCR wie spezifisch meine Primer arbeiten... jetzt hängt doch aber die Spezifität nicht nur vom Primer hab sondern von den DNA templaten, der Reinheit, der Magenisumkonz, der Polymerase,... oder ist das so zu verstehen, dass das alles Faktoren sind die für das spezifische Binden des Primers verantwortlich sind und die Spezifität damit in erster Linie nur von den Primern und den für sie obtimierten Bedinungen abhängig ist?

Ich kenne mich nicht aus
Vielen Dank schon mal für eure Hilfe
Jakob.E ist offline   Mit Zitat antworten
Anzeige
Alt 13.12.2017, 17:11   #2   Druckbare Version zeigen
jlennonscola  
Mitglied
Beiträge: 2
AW: PCR Spezifität und Sensivität

Die Sensitivität ist abhängig von der Ausgangskonzentration der Zielsequenzen für die Primer und der Anzahl der Zyklen. Die Hauptfaktoren der Spezifität ist die Länge der Primer und die gewählte Annealing Temperatur. Ebenfalls trägt die Magnesium Konzentration, abhängig von der Primersequenz , zur Spezifität bei.
jlennonscola ist offline   Mit Zitat antworten
Alt 13.12.2017, 19:24   #3   Druckbare Version zeigen
zarathustra  
Moderator
Beiträge: 11.610
AW: PCR Spezifität und Sensivität

Versuche mal, auch für das Referat, mal die Begriffe zunächst an einem konkreten Beispiel zu behandeln und verallgemeinere sie dann mal.

Vor gut einem Jahr gab es Fälle, bei denen Pferdefleisch in Tiefkühl-Lasagne zu finden war. Das hat man u.a. mittels realtime-PCR nachgewiesen. Der Hintergrund war, dass die tierische DNA durch die Lebensmittelverarbeitung ziemlich zerlegt war und man daher die kurzen DNA-Fragmente als kurze PCR-Fragmente nachweisen wollte.

Es bringt dabei nichts, wenn man nicht nur bei Pferde-DNA, sondern auch bei Rind, Schwein und Ente die gleichen Signale bekommt. Also muss die PCR spezifisch sein. Man sollte also DNA-Sequenzen auswählen, die sich zwischen den verschiedenen Organismen unterscheiden. Dann kann man ein bisschen an den Primer-Sequenzen arbeiten, leicht unterschiedliche Bereiche zum Amplifizieren auswählen etc. Und schließlich kann man die PCR-Bedingungen optimieren, also z.B. Zusammensetzung des Mixes, Annealing-Temperatur und Elongationszeit variieren.

Der zweite Punkt neben der Spezifität ist die Sensitivität. Auch wenn nur kleine Mengen Pferdefleisch enthalten sind, musst du dieses nachweisen können. Das kann man v.a. über die Anzahl der PCR-Zyklen beeinflussen. Wenn du sehr viele Zyklen durchführst, bekommst du aber auch oft unspezische PCR-Produkte. Und auch wenn bei jedem PCR-Schritt theoretisch eine Verdopplung des Produktes stattfinden sollte, ist das in der Praxis nicht der Fall. Das lässt sich damit erklären, dass dNTPs verbraucht werden, vielleicht auch die Polymerase auf Dauer nicht glücklich mit den Temperaturen ist, und weil Pyrophosphat gebildet wird und die Polymerase hemmt. Insofern wird es ab etwa 37-40 Zyklen problematisch. In dem Fall gibt es aber noch andere Methoden wie z.B. nested-PCR, mit der du die Sensitivität deutlich verbessern kannst.
__________________
Ich habe zwar auch keine Lösung, aber ich bewundere das Problem!
zarathustra ist offline   Mit Zitat antworten
Anzeige


Antwort

Themen-Optionen
Ansicht

Gehe zu

Ähnliche Themen
Thema Autor Forum Antworten Letzter Beitrag
Spezifität vs Selektivität EpsilonDelta Allgemeine Chemie 8 10.01.2013 22:27
Spezifität von Botox Typ A ehemaliges Mitglied Medizin & Pharmazie 1 26.02.2011 12:47
Erhöhung PCR Spezifität kingfisher Biologie & Biochemie 3 25.06.2010 14:12
Sensitivität und Spezifität Pausenhof Wahrscheinlichkeitsrechnung und Statistik 0 06.08.2009 23:57
Spezifität von Second Messengern ehemaliges Mitglied Biologie & Biochemie 5 30.05.2003 22:33


Alle Zeitangaben in WEZ +2. Es ist jetzt 23:03 Uhr.



Anzeige